Projects

RSS

Gredia

Start date: , End date:

GREDIA created a platform for design and deployment of secure applications support for mobile devices to be integrated in the Grid. The common characteristics of business applications are the central concept of a Virtual Organisation and the demand for access and sharing of large quantities of d...

Gredia

GREDIA created a platform for design and deployment of secure applications support for mobile devices to be integrated in the Grid. The common characteristics of business applications are the central concept of a Virtual Organisation and the demand for access and sharing of large quantities of distributed annotated numerical and multimedia content.The work advanced the SYMBIAN mobile operating system to exploit Grid opportunities. The potential effects of the Gredia platform were validated through two pilot applications servicing news and banking organisations, demonstrating secure access to distributed multimedia content in the first case and numerical annotated data in the second.
http://www.gredia.eu

PL Grid

POIG.02.03.00-00-007/08-00, 2009-2011 The goal of the PL-Grid project is to provide the Polish scientific community with an IT supercomputing platform and a set of advanced tools to enable e-science research in various fields. This infrastructure aims to be compatible wit...

PL Grid

POIG.02.03.00-00-007/08-00, 2009-2011
The goal of the PL-Grid project is to provide the Polish scientific community with an IT supercomputing platform and a set of advanced tools to enable e-science research in various fields. This infrastructure aims to be compatible with existing worldwide Grid frameworks.
http://www.plgrid.pl/en

KMD

Start date: , End date:

Projekt Krajowy Magazyn Danych ma na celu zbudowanie systemu przechowywania danych o zasięgu krajowym, dostępnego za pośrednictwem sieci naukowej PIONIER oraz sieci miejskich MAN. System zapewniać ma wiarygodność i bezpieczeństwo przechowywania danych oraz wysoką wydajność dostępu i operacji na dan...

KMD

Projekt Krajowy Magazyn Danych ma na celu zbudowanie systemu przechowywania danych o zasięgu krajowym, dostępnego za pośrednictwem sieci naukowej PIONIER oraz sieci miejskich MAN.

System zapewniać ma wiarygodność i bezpieczeństwo przechowywania danych oraz wysoką wydajność dostępu i operacji na danych.

Rehab

Start date: , End date:

Ministry of Science and High Education, N N519 315435, Contract Nr. 3154/B/T02/2008/35 (2008-2010), Main Contractor: Prof. J. Kitowski...

Rehab

Ministry of Science and High Education,
N N519 315435,
Contract Nr. 3154/B/T02/2008/35 (2008-2010),
Main Contractor: Prof. J. Kitowski

OntoStor

Start date: , End date:

Badania naukowe związane z tematyką gridową w istotny sposób przyczyniają się do powstania nowej jakości dostępu i użytkowania zasobów komputerowych. Wraz ze wzrostem możliwości przetwarzania danych wzrasta zapotrzebowanie na coraz to pojemniejsze i bardziej efektywne podsystemy przechowywania d...

OntoStor

Badania naukowe związane z tematyką gridową w istotny sposób przyczyniają się do powstania nowej jakości dostępu i użytkowania zasobów komputerowych. Wraz ze wzrostem możliwości przetwarzania danych wzrasta zapotrzebowanie na coraz to pojemniejsze i bardziej efektywne podsystemy przechowywania danych. Systemy HSM są często używane, gdy należy przechowywać dane w sposób optymalny pod względem kosztów nośników i dostępu do danych.

Prawidłowe i dokładne monitorowanie systemów przechowywania danych, a w szczególności systemów HSM, jest niezbędnym warunkiem powodzenia wielu procesów zachodzących we współczesnych środowiskach gridowych takich jak: wybór repliki danych, tworzenie nowej repliki biorąc pod uwagę jej optymalną lokalizację, określenia parametrów i warunków kontraktów SLA (Service Level Agreement), zapewnienia wymaganej jakości usług QoS (Quality of Service) lub wymaganego poziomu bezpieczeństwa i dostępności.

Współczesne rozproszone środowiska obliczeniowe typu grid są często wyposażone w mechanizmy wspierające wykorzystanie wiedzy zawartej w ontologicznych opisach wielu elementów składowych systemów. Umożliwia to efektywniejsze wykorzystywanie zasobów środowiska gridowego oraz ułatwia proces integracji i tworzenia nowych aplikacji z wykorzystaniem istniejących, semantycznie opisanych modułów reprezentujących serwisy.

Celem projektu jest opracowanie metodologii organizacji dostępu do danych w środowisku gridowym w odniesieniu do zróżnicowanych systemów pamięci masowych. Oryginalność proponowanego podejścia polega na zastosowaniu technologii semantycznych z wykorzystaniem ontologii dla potrzeb modelowania takich systemów oraz organizacji dostępu do danych. Wykorzystane zostaną elementy inżynierii wiedzy celem uzyskania większej elastyczności opracowanego rozwiązania, podniesienia stopnia interoperabilności istniejących rozwiązań oraz umożliwienia łatwiejszej integracji ze środowiskami semantycznego gridu (paradygmat SOKU). W projekcie przewiduje się adaptację istniejących semantycznych opisów urządzeń i typów danych (reprezentowanych w formie ontologii) poprzez wykorzystanie istniejących i rozwój własnych metod rozszerzania ontologii bądź ich interoperabilności.

W ramach projektu opracowany zostanie ogólny model systemu przechowywania danych (CMSSM - Common Mass Storage System Model), ze szczególnym uwzględnieniem systemów HSM, oraz system estymacji czasu dostępu do danych przechowywanych w systemach MSS wraz z niezbędnymi opisami semantycznymi. Proponowany model systemu przechowywania danych będzie się składał z dwóch części: modelu opisu stanu systemu pamięci masowej oraz algorytmu działania systemu określającego sposób i warunki czasowe przejść pomiędzy stanami systemu. Model opisu stanu rozumiany jest jako zbiór dobrze zdefiniowanych parametrów opisujących aktualny stan dowolnego systemu pamięci masowej. System estymacji czasu dostępu do danych składa się z dwóch głównych typów serwisów: serwisów monitorujących systemy MSS i serwisów estymujących czas dostępu do danych składowanych w takich systemach. Implementacja serwisów monitorujących jest zależna od konkretnego systemu monitorowanego, gdyż różne systemy MSS mają różne interfejsy dostępu do narzędzi i metod diagnostycznych dostarczanych przez producenta. Serwisy estymujące, korzystając z informacji dostarczanej przez serwisy monitorujące (zarówno MSS, jak i sieć), szacują koszt dostępu dla konkretnych danych. Opracowana zostanie ontologia opisująca systemy MSS w oparciu o istniejącą, komercyjnie uznaną, ontologię opisu systemów komputerowych – CIM. Praktyczna realizacja dotyczyć będzie szerokiego spektrum pamięci masowych, a wśród nich następujących systemów HSM: DiskXtender, Castor i FSE. W projekcie zostaną pokazane dwa przypadki użycia opracowanej metodologii dostępu do danych w warstwie pośredniej systemów gridowych: w module zarządzania danymi (replikacja danych) oraz dla potrzeb tworzenia i utrzymania Wirtualnych Organizacji (kontrakty, SLA). Stworzone zostana odpowiednie API, pozwalające na wykorzystanie odpowiednich serwisów oraz środowisko portalowe, umozliwiające zarządzanie danymi i monitorowanie stanu danych i urządzeń.

Homing/Powroty

Projekt dotyczy szerokopojętych aspektów algorytmicznych prowadzenia kampanii wyborczych. W szczególności celem jest opracowanie dokładnych oraz aproksymacyjnych algorytmów optymalnego prowadzenia kampanii indywidualnych (np. przez spotkania z wyborcami), grupowych, a także kampanii wewnątrzparlamen...

Homing/Powroty

Projekt dotyczy szerokopojętych aspektów algorytmicznych prowadzenia kampanii wyborczych. W szczególności celem jest opracowanie dokładnych oraz aproksymacyjnych algorytmów optymalnego prowadzenia kampanii indywidualnych (np. przez spotkania z wyborcami), grupowych, a także kampanii wewnątrzparlamentarnych.

Interactive simulation of chosen biological processes using particles, coupled with high resolution visualization

Project MNiSW number N N519 443039, dr inż. Witold Alda The purpose of the project is the design of the environment dedicated to interactive simulations using particle and online visualization of the results. Methods built in the environment cover different space-temporal scales (MD, DPD, SDPD, SPH,...

Interactive simulation of chosen biological processes using particles, coupled with high resolution visualization

Project MNiSW number N N519 443039, dr inż. Witold Alda

The purpose of the project is the design of the environment dedicated to interactive simulations using particle and online visualization of the results. Methods built in the environment cover different space-temporal scales (MD, DPD, SDPD, SPH, LBG). Simulation and visualization software will run concurrently on GPUs, including GPU clusters.

OntoStor

Start date: , End date:

...

OntoStor

KMD2

Start date: , End date:

...

KMD2

Modelowanie wzrostu patologii w organizmach przy pomocy paradygmatu złożonego automatu

Start date: , End date:

Zrozumienie działania złożonych biologicznych systemów wymaga integracji badań eksperymentalnych z obliczeniami. W literaturze światowej badania naukowe w tym kierunku znane są pod nazwą biologia systemów (ang. systems biology) lub obliczeniowa biologia systemów i obejmują najtrudniejsze wyzwania ja...

Modelowanie wzrostu patologii w organizmach przy pomocy paradygmatu złożonego automatu

Zrozumienie działania złożonych biologicznych systemów wymaga integracji badań eksperymentalnych z obliczeniami. W literaturze światowej badania naukowe w tym kierunku znane są pod nazwą biologia systemów (ang. systems biology) lub obliczeniowa biologia systemów i obejmują najtrudniejsze wyzwania jakie do tej pory stały przed nauką i nauką o obliczeniach w szczególności. Ich celem jest dogłębne poznanie funkcjonowania żywych organizmów. Do niedawna takim wyzwaniem dla nauki i nauki o obliczenaich były systemy złożone (ang. complex systems) i zjawiska emergentne (ang. emergent behaviour) czyli takie, które są wynikiem oddziaływania ogromnej liczby prostych i identycznych elementów. Rzeczywistość systemów biologicznych jest zupełnie inna i jeszcze bardziej złożona. Tutaj wielka liczba funkcjonalnie różnych, a często spełniających wiele funkcji zbiorów elementów, oddziaływuje ze sobą w sposób selektywny i nieliniowy w wyniku czego obserwujemy spójne zachowanie komórki, tkanki, organizmu jako całości. Co więcej, sprzężenie pomiędzy rozseparowanymi skalami czaso-przestrzennymi powiązanych ze sobą procesów ujawnia się tu znacznie silniej niż w systemach złożonych. Utrudnia to separację skal, ich aproksymację i zastosowanie procedur renormalizacyjnych. Często uniemożliwia to zastosowanie wygodnej procedury obliczeniowej jaką jest zogniskowanie (ang. focalization) obliczeń na najistotniejszym obszarze w których zachodzi badany proces równocześnie wykorzystując aproksymacyjne modele dla obszarów mniej istotnych.

Celem projektu jest opracowanie nowej metodologii modelowania, tzw. złożonych automatów,  ukierunkowanej na rozwiązywanie problemów biologii obliczeniowej. Są to systemy stanowiące rozszerzenie paradygmatu automatu komórkowego poprzez rezygnację z jego głównych ograniczeń: nieruchomej regularnej siatki, oraz założenia o homogeniczności reguł i biernej roli pojedynczego automatu. Autorzy projektu proponują zamiast regularnej siatki automatów wprowadzić automaty oddziaływujące ze sobą zarówno w sposób mechaniczny powodujący ich przemieszczenie, wykorzystując równocześnie „oddziaływania” regułowe wynikające ze stanu pojedynczego automatu i stanów automatów w jego sąsiedztwie. Równocześnie stan automatu były modyfikowany zarówno przez mikroskopowe zjawiska zachodzące w przestrzeni o rozmiarach mniejszych niż rozdzielczość systemu jak i zjawiska zachodzące w całym systemie opisywane przy pomocy równań fizyki matematycznej (np. równanie reakcji-dyfuzji,  równania Maxwella, czy równania hydrodynamiki). Celem pośrednim będzie stworzenie środowiska obliczeniowego dla tak zdefiniowanego automatu złożonego oraz szkieletu pewnej „metafory obliczeniowej” na bazie której można budować wieloskalowe modele biologiczne i tworzyć wygodne środowiska do wizualizacji wyników symulacji.

Model testowany będzie na dwóch przykładach wzrostu masy patologicznej o zdecydowanie różnym charakterze: problemu wzrostu nowotworu w tkance oraz zjawiska ataku fusarium na roślinę. W pierwszym przypadku badany będzie wpływ mechanicznego oddziaływania wrastającego w zdrową tkankę nowotworu na przebieg procesu angiogenezy oraz rola perycytów w procesie waskularyzacji guza. W drugim przypadku, badana będzie szybkość ataku fusarium w zależności od odporności rośliny oraz ilości wydzielanych przez grzyba toksyn. Badana będzie zarówno molekularna i strukturalna zależność odporności rośliny na atak fusarium. Nowym elementem zastosowanym w konstrukcji modelu będzie próba rekonstrukcji reguł automatu na bazie analizy mikromacierzy ekspresji genów rośliny inokulowanej różną ilością fusarium. Autorzy projektu posiadają zapewnienia o współpracy od:

·         prof. dr Arkadiusza Dudka Division of Hematology, Oncology and Transplantation, Department of Medicine,  University of Minnesota Cancer Center, który służyłby zespołowi jako ekspert w dziedzinie symulacji nowotworu, a także wskazywałby na nowe kierunki rozwoju badań, oraz wspierałby grupę wynikami laboratoryjnymi,

·         dr Margaret Balcerzak z rządowego instytutu Agriculture and Agri-Food Canada, Ottawa, Kanada zajmującej się badaniem (eksperymentalnym) odporności roślin na ataki fusarium, która służyłaby ekspertyzą w dziedzinie symulacji wzrostu fusarium, a także dostarczałaby dane eksperymentalne do analizy.

Oprócz publikacji naukowych, wynikiem projektu byłyby aplikacje służące do modelowania wzrostu nowotworu i fusarium oraz środowisko obliczeniowe do wizualizacji rezultatów symulacji procesów wzrostu.

Copyright © 2010 Department of Computer Science   |   AGH University of Science and Technology   |   Created by Creative Bastards